感觉你的原始信号的生成有点问题，注意复数计算和for循环中i，j的使用，i，j当作复数单位是可以写成1i，1j，
3 l9 _- W/ J4 i& ]9 ?clear all
clc
n=0.0048;
Gxn0=262144;
N=5200;
ll=0.04;
5 W4 S$ c+ S' `for k=1:N/2
    nk=k*n;
" X3 ]4 p( Y( l" u    Gx(k)=Gxn0*(nk/0.1)^(-2);
+ \3 K7 C) b# w: S7 S1 a: n    Xk(k)=sqrt(N*Gx(k)/2/ll);
4 z! S# s! y; |" j  W  Q$ f8 Hend
! q% b4 E0 y" A  S7 ]8 NR=2*pi*rand(1,N/2);
( Y% ^! `# |1 ]. pfor k=1:N/2
    Xkf(k)=Xk(k)*exp(1i*R(k));
    Xkf(N-k)=Xk(k)*exp(-1i*R(k));
end
* c! Q+ D0 D% Y! T5 T/ @. q- PXkf(N/2)=0;
for j=1:N
' v  a/ Y$ ~: v  T9 l$ ]    k=(1:1:N-1);
    bb=exp(1i*2*pi*k*(j-1)/N);
1 U- S7 H& |# [1 P" ~( n# T# k* K    cc=Xkf.*bb;
1 |7 F6 u3 W+ \6 Y8 k    aa=sum(cc);
    Xm(j)=abs(aa/N);                    %%此处修改了！%%%
  ?; K. P8 o" d. W( N  A0 uend
t=(1:N)*ll;
figure(1)
plot(t,Xm)
* t5 b: E' s2 y+ C6 [L=length(Xm);
nfft=2^nextpow2(round(length(Xm)/4));
5 b3 V0 L1 P$ S( @- Owindow=chebwin(nfft);
5 A2 ~2 }7 n# N- q: _overlap=round(length(Xm)/8);
ns=ceil(N/L);
[pxx,f] = pwelch(Xm,window,overlap,nfft,ns,'oneside');
figure(2)
$ N2 S; a$ C# m8 [plot(log10(f),log10(pxx))

你画的图就默认把虚部去掉了，如果单纯想把虚部去掉，real（xmm）即可，但是不一定合理，是不是取模更合适，abs（xmm）